Comment ouvrir, modifier et convertir des fichiers FNA
Ce qu'il faut savoir
- Un fichier FNA est un fichier d'alignement de séquences d'ADN et de protéines au format FASTA.
- Ouvrez-en un avec Geneious .
- Convertissez en FASTA et des formats similaires avec ce même programme.
Cet article explique ce que sont les fichiers FNA, comment en ouvrir un et comment en enregistrer un dans un format différent comme FASTA, GB, VCF, images, etc.
Qu'est-ce qu'un fichier FNA ?
Un fichier avec l' extension de fichier FNA est un fichier d'alignement de séquences d'ADN et de protéines au format FASTA qui stocke des informations sur l'ADN pouvant être utilisées par un logiciel de biologie moléculaire.
Les fichiers FNA, en particulier, peuvent être utilisés pour ne contenir que des informations sur les acides nucléiques, tandis que d'autres formats FASTA contiennent d'autres informations liées à l'ADN, telles que celles contenant FASTA, FAS, FA, FFN, FAA, FRN, MPFA, SEQ, NET ou AA extensions de fichiers.
Ces formats FASTA textuels sont à l'origine issus d'un progiciel du même nom, mais sont maintenant utilisés comme standard dans les applications d'alignement de séquences d'ADN et de protéines.
Fichiers FNA.
Note: FNA fait également référence à certains termes technologiques qui n'ont rien à voir avec ce format de fichier, comme l' acceptation finale du réseau, l'installation d'augmentation de nom de fichier/attribut, l'architecture de réseau Fujitsu et la publicité de voisin rapide.
Comment ouvrir un fichier FNA
Les fichiers FNA peuvent être ouverts sur les systèmes d'exploitation Windows, Mac et Linux avec Geneious (c'est gratuit pendant 14 jours). Pour ce faire, accédez au menu Fichier > Importer et choisissez d'importer le fichier FNA via l' élément de menu À partir du fichier .
Vous pourrez également ouvrir les fichiers FNA avec BLAST Ring Image Generator (BRIG) .
Essayez de l'ouvrir avec Notepad ++ ou un autre éditeur de texte si les idées ci-dessus ne fonctionnent pas. Le fichier peut en effet être basé sur du texte et simple à lire, ou vous pouvez constater qu'il n'a rien à voir avec le format FASTA, auquel cas l'ouverture du fichier en tant que document texte peut révéler du texte qui identifie ce qui a été utilisé pour créer le fichier ou dans quel format se trouve le fichier.
Note: Si vous constatez qu'une application sur votre PC essaie d'ouvrir le fichier FNA mais que ce n'est pas la bonne application ou si vous préférez qu'un autre programme installé ouvre les fichiers FNA, vous pouvez modifier le programme par défaut pour une extension de fichier spécifique dans Windows.
Comment convertir un fichier FNA
Nous ne pouvons pas le vérifier car nous ne l'avons pas essayé, mais vous devriez pouvoir utiliser Geneious pour convertir un fichier FNA dans de nombreux autres formats, tels que FASTA, GB, GENEIOUS, MEG, ACE, CSV , NEX, PHY, SAM, TSV et VCF . Cela peut être fait via le menu Fichier > Exporter du programme .
Geneious devrait également être capable de convertir le fichier en une image au format PNG , JPG , EPS ou PDF via Fichier > Enregistrer en tant que fichier image .
Bien que vous ne puissiez normalement pas simplement renommer l'extension d'un fichier en quelque chose d'autre et vous attendre à ce qu'il fonctionne de la même manière, vous pouvez renommer un fichier .FNA en un fichier .FA si votre logiciel de séquençage d'ADN ne reconnaîtra que le format FA.
Note: Au lieu de renommer les extensions de fichiers, vous souhaiterez utiliser un convertisseur de fichiers gratuit pour convertir d'autres types de fichiers. Dans le cas des fichiers FNA et FA, il se trouve que certains programmes n'ouvrent que les fichiers portant l'extension de fichier FA, auquel cas le renommer devrait fonctionner correctement.
Vous ne pouvez toujours pas l'ouvrir ?
Si après avoir utilisé les programmes ci-dessus, vous ne parvenez toujours pas à ouvrir votre fichier, vous constaterez peut-être que l'extension de fichier ne lit pas réellement .FNA mais plutôt quelque chose qui ressemble simplement .
Par exemple, les fichiers FNG (Font Navigator Group) ressemblent beaucoup à ".FNA" mais si vous regardez attentivement, seules les deux premières lettres sont identiques. Étant donné que les extensions de fichier sont différentes, cela indique qu'elles sont d'un format de fichier différent et qu'elles ne fonctionneront probablement pas avec les mêmes programmes.
La même chose pourrait être dite pour de nombreuses autres extensions de fichiers telles que FAX , FAS (Compiled Fast-Load AutoLISP), FAT , FNTA (Aleph One Font), FNC (Vue Functions) et FND (Windows Saved Search).
L'idée ici est de s'assurer que l'extension de fichier lit .FNA. Si c'est le cas, essayez à nouveau d'utiliser les programmes ci-dessus pour l'ouvrir ou le convertir. Si vous avez un type de fichier différent, recherchez l'extension de fichier pour savoir quelles applications sont nécessaires pour l'ouvrir ou le convertir.
FAQ
- Comment ouvrir un fichier FNA en Python ?
Tout d'abord, convertissez le fichier FNA au format FASTA à l'aide d'une application tierce telle que Geneious . Ensuite, vous pouvez télécharger Biopython , un ensemble d'outils disponibles gratuitement pour le calcul biologique pour les travaux en bioinformatique. Enfin, reportez - vous au didacticiel et au livre de recettes Biopython pour obtenir des instructions sur l'utilisation des fichiers FASTA.
- Comment trouver mes numéros de fabricant FNA sur un fichier brut Ancestry ?
Vous pouvez télécharger la plupart des données ADN sur Ancestry.com au format .txt. Cependant, seuls les clients dont l'ADN a été analysé avec le séquençage de nouvelle génération (NGS) ont la possibilité de télécharger un fichier VCF. Pour télécharger un fichier VCF, vous devez être le propriétaire de l'ADN, avoir effectué un test ADN à l'aide de la technologie NGS et disposer d'au moins 350 Mo d'espace disponible sur votre appareil.
